Закрывать ИП до подачи заявления или банкротиться в статусе индивидуального предпринимателя, это ваш выбор. Но, Вы не сможете работать ИП, если суд примет решение о вашем банкротстве и введет процедуру реализации имущества. Все средства и имущество ИП попадают в конкурсную массу. Вы несможете зарегистрировать ИП и после банкротства в течении 5 лет.

Статья 216. Последствия признания индивидуального предпринимателя банкротом
(в ред. Федерального закона от 29.06.2015 N 154-ФЗ)
 
1. С момента принятия арбитражным судом решения о признании индивидуального предпринимателя банкротом и о введении реализации имущества гражданина утрачивает силу государственная регистрация гражданина в качестве индивидуального предпринимателя, а также аннулируются выданные ему лицензии на осуществление отдельных видов предпринимательской деятельности.

2. Индивидуальный предприниматель, признанный банкротом, не может быть зарегистрирован в качестве индивидуального предпринимателя в течение пяти лет с момента завершения процедуры реализации имущества гражданина или прекращения производства по делу о банкротстве в ходе такой процедуры.

3. Арбитражный суд направляет копию решения о признании индивидуального предпринимателя банкротом и введении реализации имущества гражданина в орган, зарегистрировавший гражданина в качестве индивидуального предпринимателя.

4. В течение пяти лет с даты завершения в отношении индивидуального предпринимателя процедуры реализации имущества или прекращения производства по делу о банкротстве в ходе такой процедуры он не вправе осуществлять предпринимательскую деятельность, а также занимать должности в органах управления юридического лица, иным образом участвовать в управлении юридическим лицом.