Если основания для банкротства есть, то можете обанкротиться как ИП или как физлицо. Начать нужно отсюда. Основания обращения с заявлением о банкротстве в суд оди и те же. Все ваши долги, в любом случае будут рассматриваться в одном деле о банкротстве. По нашему опыту лучше ИП закрыть и подавать на банкротство как физлицо, если имущества у ИП нет. Квартиру, которая у Вас в ипотеке Вы потеряете, потому что на ипотечное жилье не распространяется правило о том, что  в банкротстве нельзя реализавывать жилье, если оно единственное у должника. 

Статья 446 Гражданского процессуального кодекса

1. Взыскание по исполнительным документам не может быть обращено на следующее имущество, принадлежащее гражданину-должнику на праве собственности:

жилое помещение (его части), если для гражданина-должника и членов его семьи, совместно проживающих в принадлежащем помещении, оно является единственным пригодным для постоянного проживания помещением, за исключением указанного в настоящем абзаце имущества, если оно является предметом ипотеки и на него в соответствии с законодательством об ипотеке может быть обращено взыскание;